Equipes de recherche
Diversité Moléculaire, Métabolomique, Synthèse
Axes scientifiques
1) Conception de molécules, synthèse et applications
L'objectif principal du groupe de R. Benhida ces dernières années a été de développer de nouvelles stratégies chimiques pour répondre à plusieurs questions difficiles en biologie et en médecine en utilisant de petites molécules organiques. Cela comprend : le développement de nouvelles méthodologies de synthèse, le développement de programmes modernes de découverte de médicaments avec l'application de la chimie médicinale moderne, de la chimie des acides nucléiques et de la biologie chimique pour l'identification et la validation de nouvelles cibles biologiques. L'équipe apporte une contribution importante à l'identification et à la validation de nouvelles molécules bioactives et de nouvelles cibles pertinentes, notamment pour vaincre la résistance aux médicaments en oncologie.
2) Produits Naturels Marins
La thématique Produits Naturels Marins s’intéresse aux différents aspects de la chimie des substances naturelles avec, principalement, la caractérisation et la production de petites molécules naturelles identifiées parmi les métabolites secondaires d’invertébrés et de microorganismes marins. De nombreux organismes marins, en particulier les invertébrés qui sont souvent associés à des microorganismes symbiotiques, représentent une source sous-explorée de produits naturels nouveaux qui sont responsables d’activités biologiques variées in situ (antibiotique, antifongique, antisalissure, …), elles-mêmes susceptibles de valorisation. Ces métabolites secondaires possèdent fréquemment des structures originales, souvent bioactives, différentes de celles du milieu terrestre. Ce sont des outils utilisés en écophysiologie (toxines), en biologie (taxonomie), en pharmacologie ou en cosmétique.
3) Métabolomique expérimentale et computationnelle
L'équipe se consacre au développement et à l'application de méthodes expérimentales et computationnelles pour la métabolomique basée sur la spectrométrie de masse. Utilisant principalement des données de spectrométrie de masse à haute résolution couplées à la chromatographie liquide ultra-haute performance (UHPLC), notre expertise inclut l'analyse, le traitement et l'annotation d'un large éventail de métabolites provenant de micro-organismes, de plantes, d'animaux terrestres et marins, d'humains et de l'environnement. Nous développons un ensemble de méthodes avancées visant à améliorer la profondeur de l'acquisition et de l'identification spectrales, tant pour la caractérisation exhaustive d’un échantillon que pour la caractérisation robuste dans des études à grande échelle. Nos installations comprennent un spectromètre de masse Q Exactive Orbitrap (système UHPLC multi-pompes Vanquish), et nous avons aussi accès à un tims-TOF Pro 2 pour la mesure de mobilité ionique.
4) Intelligence artificielle pour l'innovation moléculaire
Associée à l'Institut Interdisciplinaire d'Intelligence Artificielle (3iA Côte d'Azur), l'équipe DMMS est à l'avant-garde de l'innovation moléculaire en chimie grâce à l'intelligence artificielle. Notre expertise et travaux incluent le développement de modèles entraînés à prédire les structures moléculaires et leurs propriétés, ainsi que la conception de systèmes d'IA pour accélérer la détection des métabolites et décoder les interactions moléculaires clés dans les systèmes biologiques. Notre objectif est de créer des outils d’IA intuitifs facilitant la collecte, l'interrogation et l'analyse des données expérimentales complexes ainsi que des informations issues de la littérature via des instructions en langage naturel. De plus, nous concevons des systèmes d’IA pour faciliter l'enseignement de la chimie et des sciences ômiques. Nos activités de recherche s’inscrivent dans le cadre de la science ouverte et sont dynamisées par des collaborations étroites avec les collègues de l’Université Côte d’Azur ainsi que des partenaires nationaux et internationaux.
1) Conception de molécules, synthèse et applications
L'objectif principal du groupe de R. Benhida ces dernières années a été de développer de nouvelles stratégies chimiques pour répondre à plusieurs questions difficiles en biologie et en médecine en utilisant de petites molécules organiques. Cela comprend : le développement de nouvelles méthodologies de synthèse, le développement de programmes modernes de découverte de médicaments avec l'application de la chimie médicinale moderne, de la chimie des acides nucléiques et de la biologie chimique pour l'identification et la validation de nouvelles cibles biologiques. L'équipe apporte une contribution importante à l'identification et à la validation de nouvelles molécules bioactives et de nouvelles cibles pertinentes, notamment pour vaincre la résistance aux médicaments en oncologie.
2) Produits Naturels Marins
La thématique Produits Naturels Marins s’intéresse aux différents aspects de la chimie des substances naturelles avec, principalement, la caractérisation et la production de petites molécules naturelles identifiées parmi les métabolites secondaires d’invertébrés et de microorganismes marins. De nombreux organismes marins, en particulier les invertébrés qui sont souvent associés à des microorganismes symbiotiques, représentent une source sous-explorée de produits naturels nouveaux qui sont responsables d’activités biologiques variées in situ (antibiotique, antifongique, antisalissure, …), elles-mêmes susceptibles de valorisation. Ces métabolites secondaires possèdent fréquemment des structures originales, souvent bioactives, différentes de celles du milieu terrestre. Ce sont des outils utilisés en écophysiologie (toxines), en biologie (taxonomie), en pharmacologie ou en cosmétique.
3) Métabolomique expérimentale et computationnelle
L'équipe se consacre au développement et à l'application de méthodes expérimentales et computationnelles pour la métabolomique basée sur la spectrométrie de masse. Utilisant principalement des données de spectrométrie de masse à haute résolution couplées à la chromatographie liquide ultra-haute performance (UHPLC), notre expertise inclut l'analyse, le traitement et l'annotation d'un large éventail de métabolites provenant de micro-organismes, de plantes, d'animaux terrestres et marins, d'humains et de l'environnement. Nous développons un ensemble de méthodes avancées visant à améliorer la profondeur de l'acquisition et de l'identification spectrales, tant pour la caractérisation exhaustive d’un échantillon que pour la caractérisation robuste dans des études à grande échelle. Nos installations comprennent un spectromètre de masse Q Exactive Orbitrap (système UHPLC multi-pompes Vanquish), et nous avons aussi accès à un tims-TOF Pro 2 pour la mesure de mobilité ionique.
4) Intelligence artificielle pour l'innovation moléculaire
Associée à l'Institut Interdisciplinaire d'Intelligence Artificielle (3iA Côte d'Azur), l'équipe DMMS est à l'avant-garde de l'innovation moléculaire en chimie grâce à l'intelligence artificielle. Notre expertise et travaux incluent le développement de modèles entraînés à prédire les structures moléculaires et leurs propriétés, ainsi que la conception de systèmes d'IA pour accélérer la détection des métabolites et décoder les interactions moléculaires clés dans les systèmes biologiques. Notre objectif est de créer des outils d’IA intuitifs facilitant la collecte, l'interrogation et l'analyse des données expérimentales complexes ainsi que des informations issues de la littérature via des instructions en langage naturel. De plus, nous concevons des systèmes d’IA pour faciliter l'enseignement de la chimie et des sciences ômiques. Nos activités de recherche s’inscrivent dans le cadre de la science ouverte et sont dynamisées par des collaborations étroites avec les collègues de l’Université Côte d’Azur ainsi que des partenaires nationaux et internationaux.